人口データや指定緊急避難所等については、国や県、市町村それぞれがデータを公開することがありえます。
オープンデータのニーズは県の単位で使いたい、市町村の単位で使いたい、等さまざまであり、それぞれ更新頻度やデータの粒度も異なります。
基礎自治体の人口データは多くが毎月更新されており、国や県のデータに比べて更新頻度がはるかに高く、マーケティング事業者などのニーズも強いため、基礎自治体レベルで最新データをタイムリーに出すことにはメリットがあります。
従って、データの公開日やデータの範囲、更新頻度等を明確にして公開すれば、項目が重複していたとしても、データはニーズに合わせて利用されるため、問題ありません。
ただし、更新頻度・データの粒度等の違いにより、データ利用者に誤解・混乱を生じる懸念がある場合、状況に応じて、適切な注意書き(県や国とのデータの違い等)を表示するといった対応を検討してください。